Il Ponte di S. Francesco è dopo la scalinata di S. Maria del Monte il secondo intervento in ordine di tempo di sistemazione urbanistica della città nella prima metà del '600.
Si sposta così il proseguimento dell'asse principale della città dalla via S. Pietro, che guarda verso la valle di levante, a quella che sarà la via Carolina che guarda verso la valle di ponente. 
La costruzione dell'imponente manufatto, progettato dall'architetto romano, Orazio Torriani, ebbe inizio nel 1626 e ultimato nel 1666 con l'intervento del grande architetto messinese, Bonaventura Certo. Con la mole delle sue cinque arcate, di cui solo quella più grande aperta, potè da solo colmare un dislivello di oltre quindici metri ed una distanza di oltre cinquanta, che dividevano il piano delle pubbliche piazze dalla collina di San Francesco.